Giám mục phụ tá New York

Ngày 3 tháng 7 năm 1914, Giáo hoàng Piô X bổ nhiệm Hayes làm Giám mục phụ tá New York và Giám mục hiệu tòa Thagaste. Lễ tấn phong giám mục được cử hành vào ngày 28 tháng 10 tại Nhà thờ chính tòa Thánh Patriciô, bởi vị chủ phong Hồng y Farley (Tổng giám mục New York) cùng hai Giám mục phụ phong Henry Gabriels (Giám mục Ogdensburg) và Thomas Cusack (Giám mục Themiscyra).[6]

Đại diện Tông Tòa Nghĩa vụ Quân sự

Ngày 24 tháng 11 năm 1917, Hayes sau đó được bổ nhiệm làm Đại diện Tông Tòa Hạt Đại diện Tông Tòa Nghĩa vụ Quân sự, Hoa Kỳ.[6] Là linh mục quản hạt quân đội Hoa Kỳ trong Chiến tranh thế giới thứ nhất, ông đã tuyển mộ hàng trăm linh mục làm sĩ quan hoặc tuyên uý. Ông cũng là một trong bốn giám mục thành viên của ủy ban điều hành Hội đồng Chiến tranh Công giáo Quốc gia.[3]

Tổng giám mục New York

Sau khi Hồng y Farley qua đời vào tháng 9 năm 1918, Hayes được Giáo hoàng Biển Đức XV bổ nhiệm làm Tổng giám mục thứ năm của Tổng giáo phận New York vào ngày 10 tháng 3 năm 1919.[6] Ông chính thức nhậm chức vào ngày 19 tháng 3 cùng năm. Ông thành lập Hội từ thiện Công giáo của tổng giáo phận vào năm 1920 và vì vậy được gọi là "Hồng y Từ thiện".[4] Trong một lá thư mục vụ năm 1921, Hayes lên án mạnh mẽ việc phá thai, tránh thai và ly hôn.[7] Ông đã tổ chức cuộc đột kích vào hội nghị đầu tiên của Liên đoàn kiểm soát sinh sản Hoa Kỳ[8] và sau đó gọi các thành viên của tổ chức này là "tiên tri của sự suy đồi".[9] Ông hoan nghênh việc bầu Éamon de Valera làm Tổng thống Cộng hòa Ireland và đóng góp 1.000 đô la cho Sinn Féin.[3]